Kepala Desa saat ini adalah Kosmas Leda Se, yang menjabat sejak Februari 2023. Beliau menerapkan sistem kontrak kerja tertulis dengan seluruh staf sebagai bentuk komitmen kinerja yang jelas. Fokusnya adalah pelayanan tepat waktu dengan supervisi ketat dan target yang terukur

Desa Wolotopo menerima Dana Alokasi Kinerja (DAK) sebesar Rp 128 juta sebagai apresiasi atas kinerja administrasi yang baik pada tahun 2023. Sebelumnya, anggaran Dana Desa tahunan sekitar Rp 868 juta, telah digunakan untuk proyek infrastruktur seperti jalan rabat, pelatihan aparat, serta penguatan modal BUMDes untuk unit usaha minyak tanah, beras, dan sewa kursi .

Kepala Desa telah menetapkan rencana penggunaan dana tambahan untuk pemberdayaan: pelatihan tenun ikat, karang taruna, Pokdarwis, serta sektor pertanian dan perikanan

Pada tanggal 28 April 2025, Desa Wolotopo resmi diluncurkan sebagai Desa Cantik (Desa Cinta Statistik) oleh Bupati Ende, Yosef Benediktus Badeoda. Program ini bertujuan meningkatkan literasi data di desa agar perencanaan lebih akurat dan akuntabel .

Desa ini termasuk dalam 9 desa maju di Kabupaten Ende, dengan pengelolaan yang transparan dan akuntabel, termasuk laporan pertanggungjawaban keuangan yang dipajang secara terbuka di kantor desa .

Pendapatan BUMDes tercatat sebesar ±Rp 50 juta per tahun, menjadikan desa ini salah satu pengelola BUMDes terbaik di Kabupaten Ende .

Program Desa Cantik diinisiasi oleh BPS sebagai bagian dari dukungan program presiden — menjadikan desa sebagai subjek pembangunan nasional. Sebagai desa binaan pada tahun 2025, Wolotopo berpotensi dinilai dalam penilaian tahun 2026