Desa Wolotopo adalah salah satu Desa yang terletak di Wilayah Kecamatan Ndona bagian selatan. Sebelumnya  Desa Wolotopo dipimpin oleh seorang Kapitan. Pada tahun 1963 Wolotopo dibentuk menjadi Desa yaitu dengan nama Desa Wolotopo yang dipimpin oleh bapak Yohanes Toki masa berakhir pada tahun 1971, dan diganti oleh Bapak Fransisksus X Sengga, masa kepemimpinan dari tahun 1971 sampai tahun 1980, diganti masa kepemimpnan oleh bapak Ngere Benediktus Wens beliau memimpin sampai tahun 1991, lalu diganti oleh bapak Urbanus Sabulon beliau memimpin sampai tahun 1996 dan dipilih kembali menjadi kepala Desa Wolotopo untuk periode kedua, pada kepempinan beliau ditahun 1997 Desa Wolotopo dimekarkan menjadi 2 Desa yaitu Desa Wolotopo (Desa induk) dan Desa Wolotopo Timur, masa kepemimpinan bapak Urbanus Sabulon periode kedua menjalankan tugas sebagai Kepala Desa hanya 1 tahun berhubung kesehatan yang kurang baik akhirnya di lantik seorang Penjabat Kepala Desa Wolotopo  bapak Antonius Dode Bali disaat itu beliau sebagai Sekretaris Desa Wolotopo.

     Pada tahun 2003 diadakan pemilihan kepala Desa Wolotopo yang ke 5 dan Bapak Antonius Dode Bali terpilih sebagai Kepala Desa Wolotopo yang baru. Bapak Antonius Dode Bali menjabat sebagai Kepala Desa Wolotopo selama 2 periode dengan masa kepemimpinanya terhitung dari tahun 2003 s/d tahun 2014, pada tahun 2014 dikeluarkan Undang-Undang  Nomor 6 tahun 2014 tentang Desa bahwa Kepala Desa yang masa berakhir pada tahun 2014 diganti oleh Penjabat Kepala Desa dari Pegawai Negeri Sipil melalui Surat Keputusan Bupati Ende akhirnya dikeluarkan Surat Keputusan Bupati Ende atas Nama Bapak David Salvius Leda Se,S.Pt. beliau menjabat sebagai Penjabat Kepala Desa Wolotopo dari tahun 2015 s/d tahun 2016. Dan ditahun 2016 bulan Desember terjadi pemilihan Kepala Desa baru dan Kepala Desa terpilih untuk tahun 2017 s/d 2023 adalah Bapak Ignasius Leonardus Masa yang selanjutnya Bapak Ignasius Leonardus Masa menjabat selama satu periode. Kemudian pada bulan Oktober Tahun 2022 terjadi Pemilihan Kepala Desa dan Kepala Desa Wolotopo terpilih untuk Tahun 2023 s/d 2029 adalah Bapak Kosmas Leda Se.